De 40 hadde søkt tilflukt i et bomberom på anlegget, og de fleste hadde gitt opp håpet da de ble funnet tidlig i kveld.
To militære branndykkere omkom i arbeidet med å slukke brannen som oppsto etter eksplosjonene i ammunisjonslageret.
Guvernør Sergei Morozov sa tidligere fredag kveld at det var lite sannsynlig at de savnede var i live.
- I løpet av fire timers kamp mot flammene har vi ikke klart å finne de 35 savnede. Sjansene er små, sa Morozov til Interfax.
Noen timer senere kom imidlertid kontrabeskjeden fra forsvarsdepartementet; de over 40 savnede er funnet i live.
Våpendepotet ligger utenfor byen Uljanovsk, 800 kilometer sørøst for Moskva.
Eksplosjonene skal ha knust vinduene i nærliggende hus, og flere ammunisjonslagere står i brann.
- Ammunisjonslagrene brenner, men det er ingen fare for at brannen skal spre seg til kjemikalielagrene, sier viseguvernør Aleksander Bukin til Interfax.
Ber folk holde seg innendørs
Beboere i området har ifølge
fått beskjed om å holde seg innendørs.Politiet ber også beboerne om å skaffe seg munnbind og nok drikkevann.
Øyenvitner forteller om enorme eksplosjoner, og brua over elva Volga er stengt.
Uljanovsk har drøyt 600.000 innbyggere.