Uroen brøt ut da 400 politimenn forsøkte å fjerne en veisperring som 5.000 innbyggere hadde bygd med tømmerstokker og steiner i Utcubamba-provinsen i forrige uke.
- Våre protester har pågått i 54 dager uten vold, inntil i går da myndighetene beordret drapet på våre brødre, sier leder i Aidesep, organisasjonen for urbefolkningen i området, Alberto Pizango.
38 politifolk tatt til fange
Protestlederne sier at politiet åpnet ild mot dem fra helikoptre, mens politiet sier det var demonstrantene som angrep politiet med våpen og satte fyr på offentlige bygninger.
Senere meldte rasende stammeledere at de hadde tatt 38 politifolk som gisler, og de truet med å sette fyr på en pumpestasjon som tilhører oljeselskapet Petroperu.
Opphever restriksjoner
Indianerne protesterer mot at regjeringen til president Alan García vil oppheve restriksjoner mot gruvevirksomhet, oljeleting, tømmerhogst og kommersielt landbruk i regnskogen.
Loven, som García undertegnet i fjor, har som formål å lokke olje- og gruveselskaper og andre til å investere i Amazonas-området.
Krisen er den verste García har stått overfor siden han ble president for to år siden. Den illustrerer den dype konflikten mellom elitene i Lima og fattige indianergrupper på landsbygda.