To eller tre menn med automatvåpen skal ha deltatt i angrepet mot den vesle fabrikken.
De brøt seg inn og skjøt rundt seg med Kalasjnikov-rifler, opplyser en talsmann for sikkerhetsdepartementet i Honduras.
13 personer ble drept på stedet, mens fem andre døde senere av skadene de fikk.
Ifølge BBC er ofrene unge menn mellom 17 og 24 år.
Skofabrikken ligger San Pedro Sula, som ligger litt over 24 mil nord for hovedstaden Tegucigalpa.
Ifølge nyhetsbyrået AFP jobbet det 25 personer ved fabrikken.
12 drap hver dag
Politiet vet så langt ikke hva som kan ha vært motivet bak ugjerningen.
Honduras har den høyeste drapsraten i verden med 57 per 100.000 innbyggere, eller 12 drap hver dag.