Northug vant sprintfinalen med klar margin foran Nikolaj Sjebotko fra Kasakstan.
Han tok dermed Norges første etappeseier i sesongens Tour de Ski.
Tor Arne Hetland ble nummer tre.
Slåss med Di Centa
Northug gikk i samme semifinale som italienske Giorgio di Centa.
På oppløpssiden la Northug seg inn foran Di Centa, noe som førte til at italieneren var rasende i målområdet.
Northug og Di Centa dyttet til hverandre flere ganger, før de ble skilt av lagkamerater.
- Det gjelder å vise dem hvem som er sjefen, sa Petter Northug til NRK om opptrinnet med Di Centa.
Knappet innpå sammenlagt
Tord Asle Gjerdalen ble nummer seks i A-finalen.
Han beholdt dermed sin 2. plass i sammendraget og er nå bare 1.27 minutt bak ledende Lukas Bauer.
Han tok inn 50 sekunder på Bauer, som ikke gikk videre fra prologen.
Dahl på niende
John Kristian Dahl ble nummer ni etter tredjeplassen i B-finalen.
Eldar Rønning og Jens Arne Svartedal ble slått ut i kvartfinalene.
Simen Østensen og Odd-Bjørn Hjelmeset tok seg ikke videre fra prologen.