Etter å ha blitt nektet ved flere anledninger av en het Victor Valdes i Boro-målet, fikk argentineren endelig nettkjenning da han styrte inn et innlegg fra Kevin De Bruyne like før pause.
28-åringen står med like mange mål som Chelseas Diego Costa denne sesongen og 150 totalt i løpet av City-karrieren.
Men da Marten de Roon kjempet inn sitt første Premier League-mål på overtid, måtte Pep Guardiola se laget sitt gå på sitt tredje poengtap på rad på hjemmebane.
Med poengdelingen har Arsenal og Liverpool muligheten til å passere City på tabellen med seirer søndag.
Valdes-show
Pep Guardiolas menn beleiret seg tidlig utenfor Boros 16-meter under lørdagens oppgjør. De Bruyne var nærme med en markkryper som snek seg rett utenfor etter 23 minutter.
Sju minutter senere fikk Agüero en kjempesjanse, men spissen ble stoppet av en feberredning av Valdes da han skjøt fra elleve meter.
Fire minutter senere sto den tidligere Barcelona-keeperen i veien igjen for både Agüero og David Silva.
Etter 43 spilte minutter klarte imidlertid ikke keeperen å gjøre noe da De Bruyne åpnet opp forsvaret med et smart innlegg fra høyre. Aguero gjorde det han har gjort 150 ganger på 223 kamper for City og sendte hjemmelaget i ledelsen.
Jesus Navas banket til i stolpen sekunder før pause, men Boro slapp med skrekken.
Boro-sjanse
Bortelaget hadde utrolige null touch innenfor motstanderens 16-meter i første omgang, men var på en sjelden visitt like etter pause. Adam Forshaw ble spilt fri av Adama, men engelskmannens avslutning ble stoppet av Claudio Bravo.
Resten av kampen lignet veldig på de første 45 minuttene, men City kom til færre målsjanser. I stedet var det bortelaget som utlignet på overtid da Marten de Roon stupte inn 1-1 via Bravo.
