Landsmannen Gilberto Simoni beholdt den rosa ledertrøya etter den 163 kilometer lange etappen fra Alba til Busto Arsizio.
Cipollini var igjen sterkest i spurten.
Italieneren Marco Zanotti og tyskeren Danilo Hondo fulgte nærmest. Spurtkongen Cipollini (34) tok sin 33. Giro-seier.
Spanjolen Alexis Rodriguez og italieneren Michele Coppolillo gikk i brudd etter 35 kilometers sykling og fikk en ledelse på fem minutter. Etter 110 kilometer ble de innkjørt.
Årets Giro ble i går rammet av en dopingskandale, men rittet skal fullføres med mål i Milano søndag.
Mario Cipollini vant dagen derpå.
- Publikum viste varme og forståelse for oss ryttere, sa Cipollini dagen etter sykkelsportens foreløpig siste dopingskandale.
Resultater:
1. Mario Cipollini, Italia 3.35,04 timer
2. Marco Zanotti, Italia, samme tid
3. Danilo Hondo, Tyskland, s.t.
4. Massimo Strazzer, Italia, s.t.
5. Dimitri Konitsjev, Russland, s.t.
6. Andrej Hauptman, Slovenia, s.t.
Sammenlagt:
1. Gilberto Simoni, Italia, 80.54,31 timer
2. Abraham Olano, Spania, 4,18 min. bak
3. Unai Osa, Spania, 5,22 bak
4. Sergej Hontsjar, Ukraina, 6,10 bak
5. José Azevedo, Portugal, 6,29 bak
Dario Frigo lå på andreplass, 15 sekunder bak Simoni, etter fredagens etappe, men trakk seg etter dop-funn gjort på hotellet hans onsdag. Frigo har innrømmet forholdet og fått sparken av manageren i laget, Fassa Bortolo.