Skipene er chartret av greske myndigheter for å bringe de mange menneskene som har kommet til Hellas i båter fra Tyrkia, til den greske hovedstaden.
Den tyrkiske kystvakten opplyste samme dag at minst ni syrere druknet idet de var på vei til den greske øya Kos. Åtte andre er savnet etter at båtene deres forliste.
– Dette handler ikke om migrasjon, det handler om flyktninger, sier Hellas' viseminister for migrasjon Ioannis Mouzalas.
Ber om strakstiltak
Han ba onsdag EU om å iverksette strakstiltak slik at flyktningene tas hånd om i europeiske land. Hvis ikke, mener han at krisen må behandles på FN-nivå.
– Problemet er meget stort. Jeg er optimistisk og tror vi kan unngå en krise, sier Mouzalas, som er lege og medlem av hjelpeorganisasjonen Doctors of the World.
Over 160.000 flyktninger og migranter har ankommet Hellas så langt i år, men myndighetene mangler penger og ressurser til å hjelpe dem.
Den nye teknokratiske regjeringen har likevel varslet at den vil trappe opp registreringen av flyktningene og migrantene, samtidig som det skal ytes mer hjelp til øyene som tar imot dem.
Torsdag skal greske tjenestemenn møte representanter fra EU-kommisjonen for å drøfte situasjonen.