Årsaken er at de ligger i et område med en større tektonisk bruddlinje, ifølge nyhetsbyrået Kyodo og japansk fjernsyn.
En tektonisk bruddlinje er der hvor to jordplater møtes.
– Gjelder folkets sikkerhet
Statsminister i Japan, Naoto Kan, sier kraftverket må stenge for å ta vare på befolkningens sikkerhet.
– Denne avgjørelsen ble tatt fordi konsekvensene ved en ny ulykke vil ha en enorm innvirkning på det japanske folk, sier Kan.
Kan ikke beordre stenging
Operatøren Chubu Electric vil bli bedt om å stanse reaktor nummer fire og fem ved anlegget som ligger i fylket Shizuoka.
De japanske myndighetene har ingen makt til å stenge kraftverket selv.
En representant fra Chubu Electric sa at selskapet ikke har noen umiddelbar kommenatr til henvendelsen.
En tjenestemann i det japanske handelsdepartementet sa samme dag at selskapet i løpet av to til tre år vil ha fullført arbeidet som skal beskytte Hamaoka-anlegget mot en like kraftig tsunami som den som rammet det nordøstlige Japan i mars.
- Les også: – Verden må få nye atomregler