Vanlige folk skal ikke betale for en krise politikerne har skapt, mener de streikende.
Streiken ble innledet i formiddag og skulle vare i 24 timer.
Dette er den andre landsomfattende protestaksjonen siden desember i fjor, og den omfatter rundt halvparten av de fem millioner yrkesaktive grekerne.
Protestene gjelder spesielt innstramminger i pensjonsordningene og kutt i andre sosiale ytelser.
I tillegg til samferdselen ble alle statlige skoler i Hellas rammet av streiken torsdag, og de fleste offentlige kontorer måtte holde stengt.
100 flyvninger innstilt
Reuters melder at flytrafikken i Hellas bli lammet fra i formiddag da flygelederne begynte å streike.
Flyvelederne skulle streike i fire timer i tiden 0900-1300 GMT, det vil si fra kl 11 til kl. 15 norsk tid.
Ifølge nyhetsbyrået AFP kansellerte de greske flyselskapene Airlines Olympic og Aegean 100 flyvninger, deriblant omkring 20 på utlandet..
- Ingen problem i Norwegian
Kommunikasjonsdirektør Anne-Lise Skånvik i Norwegian sier at streiken i Hellas ikke ser ut til å ramme Norwegians reiser til og fra Hellas.
Oslo Lufthavn Gardermoen har heller ikke fått noen informasjon om problemer med lufttrafikken Norge-Hellas i dag.
For øvrig har ikke Gardermoen noen direkteruter til Athen etter at Sterling gikk konkurs.