Det offisielle tallet på omkomne er 117, men under et møte med det nasjonale sikkerhetsrådet fredag, sa presidenten at det reelle tallet på døde vil overstige 500.
Rundt 300 av disse har trolig mistet livet i et massivt søleskred som begravde store deler av landsbyen Hsiao Lin i det sørlige Taiwan, ifølge en rapport fra fylkesadministrasjonen.
Hsiao Lin er en av landsbyene som ble fullstendig slukt av gjørme etter at tyfonen Morakot feide over øya i forrige uke.
Verste på 50 år
Tyfonen resulterte i de verste oversvømmelsene på 50 år i landet, og veier, bruer og bygninger ble skylt bort i vannmassene.
Innbyggerne i mange landsbyer berget livet ved å klatre opp på fjelltopper før gjørmen begravde landsbyene deres, og mange har sittet isolert i dagevis før de militære kunne hente dem ut med helikopter.
President Ma er under økende press for å trappe opp redningsoperasjonen for å finne hundrevis av overlevende som ennå ikke er hentet ut.