Avstemningen var del av en avtale mellom den sittende kuppregjeringen og Zelaya som USA har meglet fram.
Avtalen innebar at nasjonalforsamlingen skulle ta stilling til om Zelaya kunne få tilbake presidentjobben i perioden fram til perioden hans uansett tar slutt i januar.
Fikk støtte av bare 14
Av 125 folkevalgte var det bare 14 som mente Zelaya burde gjeninnsettes.
– Denne beslutningen godkjenner et kupp og dømmer Honduras til et fortsatt liv i ulovlighet, sa Zelaya selv etter avstemningen.
Den styrtede presidenten oppholder seg for tiden i Brasils ambassade i Honduras’ hovedstad Tegucigalpa.
Presses internasjonalt
Avstemningen kommer etter internasjonalt press på Honduras om å løse den fem måneder lange politiske krisen i landet. Flere regjeringer i Latin-Amerika har advart mot at de ikke vil ta opp igjen de diplomatiske forbindelsene med Honduras dersom ikke Zelaya blir gjeninnsatt.
Zelaya ble avsatt i et kupp 28. juni i år. Roberto Micheletti overtok som leder for et interimsstyre fram til valget sist mandag. Micheletti, som gikk av kort tid før valget, sier Zelaya er «historie».
Den konservative kandidaten Porfirio Lobo vant det omstridte presidentvalget