Tomotorsflyet av typen Metroliner styrta like etter avgang frå den internasjonal flyplassen i Luqa, melder Times of Malta.
Eit augevitne seier at flyet tok av og steig, før det plutseleg bikka over til høgre side og styrta rett ned i bakken.
Bilete viser at ei tjukk røyksøyle steig opp frå det brennande vraket. Eit anna augevitne fortel at flyet tok fyr like etter styrten, og at det var lite igjen av flyvraket.
Ved hjelp av eit kamera på dashbordet filma Laurent Azzopardi styrten frå bilen sin.
Dei fem personane som omkom var alle franske. I ei fråsegn stadfestar flyplassen at ingen om bord i flyet har overlevd styrten.
Dei fem som var om bord skulle delta i en fransk tollaksjon som har pågått i fem månadar.
Dei skulle overvake ruter som blir brukte av migrantar og narkotikasmuglarar for å kome seg til Europa, opplyser franske styresmakter til AP.
Det kom tidleg melding om at flyet var leigd inn frå Luxembourg, og at det vart brukt av EUs grensebyrå Frontex.
Desse opplysingane vart raskt avviste av Frontex, som skriv på Twitter at ingen av dei som var om bord i flyet jobba for dei.