Flyet, med flightnummer MS804, tok av frå Charles de Gaulle-flyplassen i Paris klokka 23.09 torsdag kveld.
Det var 56 passasjerar om bord. Blant dei to spedbarn og eit barn. I tillegg var det eit mannskap på 10 om bord i flyet.
Det skal vere personar frå 12 ulike nasjonar om bord.
Flyet skulle lande i Kairo klokka 03.15.
Klokka 02.45 mista Egyptair kontakten med flyet. Det melder selskapet på Twitter.
Egyptiske styresmakter seier det egyptiske militæret mottok naudsignal frå flyet før det forsvann.
Flyet hadde ei høgde på 37.000 fot og forsvann då det var komme 16 kilometer inn i egyptisk luftrom. Det var då 280 kilometer frå den egyptiske kysten.
Militære rednings- og bergingsmannskap er framme ved staden i Middelhavet det blir anteke at flyet har styrta.
Hellas har blitt med i søket etter det sakna flyet. To fly har nå blitt sendt ut for å leite etter det sakna flyet.
Ifølgje Flightradar24 var flyet av typen Airbus A320-232 og vart levert til selskapet i 2003.
Ifølgje The Guardian var denne turen dagens femte tur for flyet.
EgyptAir opplyser at kapteinen på flyet har lagt 6.275 flytimar bak seg, inkludert 2101 flytimar på ein Airbus 320. Andreflygaren er notert med 2.766 timar.
Andre hendingar
I mars tvang ein mann med falskt bombebelte eit EgyptAir-fly til å lande på Kypros. Han overgav seg etter seks timar på flyplassen, og ingen vart skadd i hendinga.
I oktober i fjor omkom alle dei 224 personane om bord då eit russisk charterfly styrta på Sinaihalvøya som følgje av ei bombe. Flyet skulle til St. Petersburg i Russland frå feriestanden Sharm el-Sheikh i Egypt.
Ifølgje Reuters er ein mekanikar frå EgyptAir, med tilknytning til ekstremistgruppa IS, mistenkt for å ha plassert bomba.
Saka blir oppdatert.