Politiet fant den ene kvinnen død med stikkskader i halsen i stuen i leiligheten i Wan Chai-distriktet tidlig lørdag morgen.
Liket av den andre kvinnen ble funnet i en koffert som sto på balkongen. Politiet tror hun har vært død i lengre tid.
Nå er briten som bor i leilighetene arrestert, men han er foreløpig ikke siktet.
Drapsofrene, som beskrives som asiatiske av opprinnelse, antas ifølge avisen South China Morning Post å ha vært sexarbeidere.
Drapssaker som denne er uvanlig i Hongkong. I første halvår i år hadde politiet registrert 14 drap i byen med 7 millioner innbyggere.
