Bosetningene er ulovlige og i strid med folkeretten, ifølge generalsekretæren.
Beslutningen om nye boliger på okkupert jord hindrer også mulige nye fredssamtaler, mener Ban Ki-moon.
Les:
Også USAs visepresident Joe Biden
på Israels kunngjøring tirsdag, som kom mens han satt i møte med israelske toppledere i Jerusalem for å forsøke å få fredsprosessen på sporet igjen.Ber Biden om unnskyldning
Israels velferdsminister Isaac Herzog beklager at planene om de nye bosetningene ble kjent under Bidens besøk.
– Dette skulle ikke ha skjedd under et besøk fra USAs visepresident. Det er svært pinlig, og vi ber om unnskyldning for denne alvorlige blunderen, sier Herzog til israelsk militærradio.
Barak raser mot planene
Israels forsvarsminister Ehud Barak fordømmer også innenriksdepartementets kunngjøring om å bygge de 1600 nye boligene.
– Forsvarsminister Ehud Barak uttrykker sinne over den ikke-autoriserte kunngjøringen som påvirker fredsforhandlinger med palestinerne, forhandlinger som er av største interesser for Israel, heter det i en uttalelse fra forsvarsdepartementet onsdag.
Forsvarsdepartementet peker på at de i mange måneder har forsøkt å skape tillit mellom partene, slik at nye forhandlinger kan starte.