Svindelen ble oppdaget under en intern sjekk 2. september og kan ha pågått i åtte år, skriver den svenske avisen Dagens Nyheter.
Den mistenkte er en mann i 40-årene, som begynte å jobbe som regnskapsfører ved ambassaden i Kampala i 2004. Han er nå oppsagt.
Kan være bistandsmidler som er stjålet.
I fjor ga Sverige 229 millioner svenske kroner i bistand til Uganda. Det er uklart om det er bistandsmidler underslått.
– Det er det for tidlig å gå inn på. Det er en pågående etterforskning. Informasjonen er derfor underlagt taushetsplikt i henhold til svensk og ugandisk lov, sier kommunikasjonssjef Anna Bjorkander i det svenske utenriksdepartementet til nyhetsbyrået TT.