Toget heldt ei fart på 140 kilometer i timen då ulukka skjedde, opplyser ein talsman for jernbaneselskapet.
Ulukka skjedde cirka klokka 10.30 i Studenka, rundt 350 kilometer frå Praha, ikkje langt frå grensa til Polen. Den næraste større byen i Tsjekkia er Ostrava.
Toget var på veg frå Krakow i Polen til Praha med 400 passasjerar om bord.
Det går føre seg ein større redningsoperasjon på staden, og dei skadde er sende til 10 ulike sjukehus i regionen. Alt tilgjengeleg mannskap og materiell er sett inn i redningsarbeidet.
Dei første meldingane frå ulukkesstaden gjekk ut på at minst 10 menneske hadde mist livet, men talet vart seinare nedjustert til seks.
Det kan likevel ikkje utelukkast at talet på omkomne kan stige.
Det var delar av ei motorvegbru under bygging som fall saman over jernbanelina. Lokomotivet og tre jernbanevogner spora av etter samanstøyten, seier Jan Kucera, talsmann for jernbaneselskapet.
- Skadeomfanget er enormt, legg han til.
Brannvesenet har ei anna forklaring på kva som skjedde. Ein av deira talsmenn seier til den tsjekkiske fjernsynsstasjonen CT at brua kollapsa opp på det passerande toget.
Blant passasjerane var ei stor gruppe ungdomar på veg til ein festival i den tsjekkiske byen Pardubice.