Hele kontingenten på 734 soldater, som er basert i Bouake i den nordlige delen av Elfenbenskysten, er lukket inne i leiren sin mens etterforskningen pågår.
– Dette betyr at de ikke lenger deltar i våre operasjoner, sier Hamadoun Toure, talsmann for FNs styrker i Elfenbenskysten.
– De som blir funnet skyldig, vil bli sendt tilbake, opplyser Toure.
De marokkanske soldatene er anklaget for å ha hatt sex med et stort antall mindreårige jenter i Bouake-området.
Misbruket skal ha pågått over flere år mens styrkene ble rotert, og de samme jentene skal ha blitt levert videre hver gang styrkene ble skiftet ut med nye styrker.
Kampanje
Toure sier at saken ble avdekket etter at FN kjørte i gang en kampanje mot seksuelt misbruk, der lokalbefolkningen ble oppfordret til å melde fra om misbruk de kjente til.
Deretter ble det sendt et team for å intervjue folk etter hvert som klagene strømmet inn.
FN-styrken i Elfenbenskysten består av 9.000 soldater fra over 40 land, med støtte fra en fransk styrke bestående av 3.000 soldater.
Den marokkanske styrken er hovedkontingenten i Bouake, sammen med noen politifolk fra Bangladesh, ingeniører fra Pakistan og medisinsk personale fra Ghana.
Skandaler
Fredsstyrken kom til Elfenbenskysten i 2003 for å overvåke en fredsprosess som ble gjenopptatt etter at president Laurent Gbagbo inngikk en avtale med opprørslederen Guillaume Soro.
FN er blitt rammet av flere skandaler i Afrika, spesielt i Kongo, der FN-styrker fra flere land er blitt anklaget for omfattende seksuelt misbruk av kvinner og smugling av mineraler.
I en kunngjøring som ble sendt ut fredag, gjentok FN sin nulltoleranse når det gjelder seksuell utbytting og misbruk.