Australieren er tiltalt for å kjøp, oppbevaring og salg av narkotika.
31-åringen ble stoppet av politiet på gullkysten mandag kveld.
I bilen skal de ha funnet 760 ecstasytabletter, marijuana og penger, skriver The Australian.
Politiet hevder også at de har funnet et laboratorium hjemme hos Baggaley i Mermaid Waters.
Tatt for doping før
Baggaley vant VM-gull på K1 500 meter i Kroatia i 2005. To uker senere ble den doble verdensmesteren testet utenfor konkurranse, og prøven viste spor av det samme steroidet som Ben Johnson ble tatt for under OL i Seoul i 1988.
Baggaley hevdet å ha fått i seg stoffet da han drakk appelsinjuice han fant i brorens kjøleskap.
31-åringen ble først utestengt i 15 måneder, men dommen ble forlenget i to år etter press fra Det internasjonale padleforbundet.
Dersom han blir funnet skyldig i kjøp, salg og oppbevaring av narkotika, vil han bli utestengt fra idretten på livstid.