Nystedt har blant annet dirigert Oslo Filharmoniske Orkester, Bergen Filharmoniske Orkester, Trondheim Symfoniorkester, Kringkastingsorkestret, Tromsø symfoniorkester, Kristiansand Symfoniorkester og Sønderjylland Symfoniorkester.
I 2005 ble han kunstnerisk leder for Oslo Kammerkor.