Ingen av lagene scoret i første omgang.
To minutter før slutt ble Andreas Albech (Sarpsborg) utvist etter å ha fått sitt andre gule kort, men Mortensen avgjorde med sin scoring tre minutter på overtid. 28-åringen har scoret åtte mål i år.
Branns Bismar Acosta og Torgeir Børven fikk gult kort. For Sarpsborg fikk Anders Trondsen gult kort.
Trond Ivar Døvle var dagens dommer. 10.721 tilskuere var til stede på oppgjøret på Brann stadion.
I neste runde skal Brann møte Aalesund, og Sarpsborg møter Haugesund.