Rajoy legger imidlertid til at han håper på bedring i andre halvdel av 2013.
– Vi har et svært vanskelig år foran oss, spesielt det første halvåret. Vi må holde fast ved reformene vi har begynt på, sa Rajoy på en pressekonferanse fredag.
Krisen i banksektoren og vedvarende høy arbeidsløshet bidrar til at Spania fortsatt er i resesjon i fjerde kvartal, opplyste sentralbanken Banco de Espana fredag.
Resesjon
Den spanske økonomien, som er Europas fjerde største, har slitt med tilbakegang siden midten av 2011.
– Økonomien vil fortsette i resesjon i en stund, men vi håper at den vil ta seg opp i andre halvdel av 2013, sier Rajoy.
Banco de Espana opplyser at tallene for fjerde kvartal fortsatt er ufullstendige.
– Men de tyder på en fortsatt nedgang, som følge av at den innenlandske etterspørselen skrumper inn, het det i månedsrapporten fra sentralbanken.
Penger inn
Samtidig opplyste sentralbanken at utenlandske investorer i oktober i år plasserte mer penger i Spania enn de hentet ut av landet.
Dette var andre måned på rad at landet kunne glede seg over kapitaltilstrømning.
Spanjolene sliter med sin andre resesjon på tre år, og regjeringen har satt i verk harde tiltak for å få kontroll over budsjettunderskuddet.
Resesjon defineres som fall i BNP - den samlede verdien av de varer og tjenester et land produserer - i to eller flere kvartaler på rad.