Angrepet skjedde sent onsdag i Zhari-distriktet i Kandahar-provinsen, et område hvor mange Taliban-opprørere skal befinne seg.
President Karzai fordømmer angrepet, der seks barn og en voksen skal ha blitt drept.
Ifølge guvernøren i Kandahar var luftangrepet rettet mot opprøre som var i ferd med å legge ut veibomber.
Gjemte seg bak hus
De flyktet senere inn i en landsby og gjemte seg blant sivile hus, hvorpå ISAF-styrker gikk til angrep mot veien de befant seg på.
Versjonen fra lokale myndigheter i Zhari er imidlertid at NATO-styrkene angrep opprørere som la ut eksplosiver, men bommet og traff et boligområde i nærheten.
Den NATO-ledede ISAF-styrken i Kabul medgir at flere sivile ble såret og drept i det som var ment å være et angrep mot opprørsaktivitet.
Hendelsen skal nå granskes, både av NATO selv og afghanske myndigheter.
