Mannen skal ha tilstått drapene på guttene, som var henholdsvis åtte, ni og 13 år.
En av de drepte, åtteåringen Dennis Rostel, ble funnet misbrukt og nedgravd i en sanddyne i Vinderup ved Holstebro i august 1995.
Få uker tidligere hadde han forsvunnet fra en teltleir i Nord-Tyskland.
– Mannen hadde leid et sommerhus i Danmark like ved stedet der gutten ble funnet, opplyste Kai Thomas Breas fra den tyske påtalemyndigheten på en pressekonferanse fredag.
Mannen har ifølge politiet fortalt om alle de tre drapene i detalj, noe som underbygger at han er gjerningsmannen.
Kan stå bak flere drap
Han har også tilstått å ha forgrepet seg på en rekke andre mindreårige, og politiet forsøker nå å knytte ham til flere drap i Nederland og Frankrike. De siste ti årene har mannen bodd i Hamburg.
Politiet opplyser også at han er utdannet pedagog og har hatt ansvar for barn. Han arbeidet blant annet i den teltleiren der det ene offeret oppholdt seg før han forsvant og ble drept.