Et flertall på 59,6 prosent av velgerne sa ja til avtalen, viste opptellingen av stemmene som var avgitt i folkeavstemningen.
Det sveitsiske folkepartiet (SVP), som er det største partiet i Sveits, oppfordret velgerne til å si nei til avtalen, mens andre viktige partier og arbeidstakerorganisasjonene var tilhengere av avtalen.
Formelt gjaldt avstemningen om de nåværende avtalene som er inngått med 25 EU-land, også skal utvides til å omfatte rumenske og bulgarske statsborgere.
– Flertallet av velgerne har erkjent at åpenhet er den eneste rette strategien for en økonomi som er sterkt rettet mot utenrikshandel, selv i vanskelige økonomiske tider, uttalte LO i Sveits da resultatet var klart.
EU-kommisjonens president Jose Barroso betegner avtalen som en nøkkelavtale i forholdet mellom EU og Sveits.
Hadde sveitserne sagt nei, kunne alle de bilaterale avtalene Sveits har med EU, blitt satt ut av kraft om seks måneder, noe som ville ha skapt store problemer, ifølge landets utenriksminister Micheline Calmy-Rey.