Det sa Det hvite hus' pressetalsmann Sean Spicer på en pressebrifing i ettermiddag.
Spicer sier at flyktningene vil måtte gå gjennom en ekstremt grundig bakgrunnssjekk før de blir sluppet inn i landet.
– Avtalen som ble inngått av den forrige administrasjonen er noe han er veldig, veldig opprørt over. Han liker den ikke, sa Spicer om president Trumps mening om avtalen
Pressetalsmannen la til Trump likevel vil la avtalen bli stående ut fra respekt for Australias statsminister Malcolm Turnbull.
Rett etter at Spicer hadde brifet pressen, sa Trump selv til journalister at «jeg elsker Australia som land, men må spørre om hvorfor vi inngikk denne avtalen».
La på røret i samtalen
De 1250 flyktninger er i hovedsak menn fra Iran, Irak og Afghanistan, skriver BBC.
Flyktningavtalen med Australia ble inngått av president Barack Obama og gikk ut på at Australia skulle ta imot flyktninger fra El Salvador i retur.
Avtalen ble trukket i tvil etter at det i går ble kjent at Trump avbrøt en telefonsamtale med Australias statsminister da de snakket om avtalen.
– Dette er den verste avtalen noensinne, skal den amerikanske presidenten ha sagt.
Han skal videre ha påstått at avtalen, som ble inngått av Obama-administrasjonen, vil få ham «politisk drept» og anklaget Australia for å eksportere «de neste Boston-bomberne».