Drapet skjedde kort tid etter at forsvarssjefen i landet ble drept i et bombeangrep søndag.
Hæren i Guinea-Bissau sier den vil respektere grunnloven, etter at det har brutt ut opptøyer etter drapene.
Drept under flukt
– President Vieira ble drept da han forsøkte å flykte fra huset sitt. Det ble angrepet av soldater med tilknytning til forsvarssjefen, sier den militære talsmannen Zamora Induta.
Sammenstøtene i hovedstaden Bissau brøt ut etter at forsvarssjef Tagme Na Waie ble drept i et bombeangrep søndag. Byen er mandag preget av av skuddsalver og raketteksplosjoner.
Tagme Na Waie, tidligere forsvarssjef i Guinea-Bissau.
Foto: SEYLLOU / AFP– Forsvarssjefen var på kontoret da bomben eksploderte. Han ble alvorlig såret og overlevde ikke skadene. Dette er et stort tap for oss alle, sier oberst Bwam Nhamtchio som er stabssjef for forsvarssjefen.
Det er ikke kjent hvem som står bak søndagens angrep der fem personer mistet livet.
Urolig historie
Det vest-afrikanske landet har vært preget av uro siden uavhengigheten fra Portugal i 1974 og regnes som et av verdens fattigste. Det blir dessuten brukt som transittland for colombiansk kokain ment for det europeiske markedet.
Ifølge BBC er det kjent at militære offiserer er involvert i denne illegale virksomheten.
Sentest i november var det et kuppforsøk der soldater utstyrt med automatvåpen angrep presidentpalasset. Det ble opprettet en egen hær på 400 soldater som skulle beskytte presidenten etter kuppforsøket.
Denne ble imidlertid oppløst etter at den i januar ble anklaget for å forsøke å drepe forsvarssjefen.
Ifølge grunnloven i landet skal valg holdes innen 60 dager.
