Deretter hvilte han ut i det britiske generalkonsulatet der.
Fem eller seks timer etter at han ble løslatt i Gaza by, krysset han grensa til Israel gjennom grenseposten Erez onsdag morgen, i følge med britiske diplomater.
Han reiste fra hjemmet til Hamas' tidligere statsminister Ismail Haniyeh i en bilkolonne, etter å ha deltatt på en pressekonferanse og spist frokost med Haniyeh og andre tjenestemenn i Hamas.
BBC takker
Dette er fantastiske nyheter for Alan Johnstons kolleger, sier BBC i en pressemelding, etter løslatelsen av BBC-reporteren.
«Vi er lykkelig og ekstremt lettet over at vår venn og kollega, Alan Johnston, har blitt løslatt,» skriver BBC.
BBCs Midtøsten-korrespondent har sittet fanget på Gazastripen i 16 uker.
«Vi takker alle som har jobbet hardt her og i Midtøsten for å sikre ham friheten», skriver BCC.
Etter at Hamas tok over kontrollen på Gazastripen i midten av juni, har de krevd at kidnapperne, Islams hær, løslater den britiske reporteren.
Lettelse
Dette kommer som en stor lettelse for familie, venner og alle som har jobbet med å få BBC-reporteren løslatt, sa Storbritannias statsminister Gordon Brown etter at Alan Johnston ble løslatt natt til onsdag.
Johnstens foreldre sa at de var overlykkelige for at marerittet nå var over.
Johnstens far fikk noen få ord med sønnen på telefon natt til onsdag.
– Alt han sa var «hei pappa», og jeg spurte hvordan det var med ham. Han svarte «jeg er 100 prosent», og så ble linja kuttet, forteller pappa Graham Johnston.