Gruppen gjorde blant annet krav på å stå bak en terroraksjon i februar 2004 som kostet over 100 mennsker livet.
Khadaffy Janjalanis lik ble i forrige måned funnet begravet i jungelen på øya Jolo sør i Filippinene.
Amerikanske kriminalteknikere har nå utført en DNA-test som bekrefter at den døde mannen er Janjalani. Han var 31 år gammel.
På FBIs terrorliste
Janjalani har vært Filippinenes mest ettersøkte mann, og det var utlovet en dusør på 5 millioner dollar til den som bidro til at han ble tatt. Han har også vært på USAs føderale politi FBIs terrorliste.
Ifølge filippinske myndigheter ble islamistlederen drept i kamper mot filippinske soldater i september i fjor.
Tidligere denne uken meldte filippinske militære at de har drept Abu Sulaiman, en annen av lederne i Abu Sayyaf.