I tillegg skal 195 mennesker være såret i de to byene, flere av dem politimenn, opplyser sykehusleger.
Mange tusen mennesker strømmet ut i gatene i Karachi i forskjellige demonstrasjoner, en by med rundt 18 millioner innbyggere.
Marsjerte mot konsulatet
Bråket begynte da demonstranter begynte å marsjere mot det amerikanske konsulatet i byen. De kastet stein mot politiet og forsøkte å fjerne containere som politiet hadde plassert i gatene for å stanse dem.
Politiet avfyrte tåregassgranater og skjøt skarpe skudd i lufta for å stanse menneskemengden.
I Peshawar ble fem mennesker drept da voldelige demonstranter ramponerte en kino og tente på den.
En av de drepte var ansatt ved en TV-stasjon. Fjernsynssjefen hevder politiet drepte vedkommende.
Lover etterforskning
Innenriksminister Rehman Malik lover å etterforske dødsfallet, og gjentok regjeringens oppfordring om å demonstrere fredelig.
I går forsøkte demonstranter
i Islamabad.Myndighetene hadde erklært fredagen som fridag slik at folk skulle få anledning til å demonstrere mot filmen, men hadde stengt mibilforbindelsen i 12 byer i et forsøk på å hindre at demonstrasjonene skulle komme ut av kontroll.
I alt 17 mennesker er drept i Pakistan den siste uka i forbindelse med bråk etter publiseringen av en trailer av filmen Innocence of Muslims.