Marthe kommer opprinnelig fra Vannøya utenfor Tromsø, men hun flyttet til langrennsbygda Meråker som niåring.
Marthe Kristoffersen debuterte i verdenscupen med en 19. plass på 10 km fri på Beitostølen i november 2007. Senere på sesongen imponerte hun med sølv i NM i skiathlom i Granåsen, bare et par sekunder bak Marit Bjørgen.
Under VM i Liberec gikk Marthe Kristoffersen siste etappe for Norge. Hun gikk ut i ledelsen, men måtte se seg forbigått av Finland, Tyskland og Sverige. Dårlige ski må ta mesteparten av skylda for at dette ble en tung dag for juniorløper Kristoffersen. Under VM gikk hun ellers inn til en 8. plass i sprinten og en 12. plass på 30 km, begge deler i fri teknikk.
Marthe Kristoffersen beste plassering i verdenscupen er 3. plassen på 10 km fri i Lahti i 2009. Under årets Tour de ski ble hun nest beste norske løper på en 11. plass sammenlagt.
