Det er ikke aktuelt å inngå forlik med Mikhail Khodorkovskij ifølge påtalemyndighetene.
Ransakelsen kom bare to dager før et viktig aksjonærmøte i selskapet, melder nyhetsbyrået Reuters.
Påtalemyndigheten beslagla flere dokumenter under ransakelsen, ifølge en tjenestemann.
Onsdag opplyste påtalemyndigheten at det ikke er aktuelt å inngå forlik i saken mot tidligere Yukos-sjef, Mikhail Khodorkovskij, Russlands rikeste mann.