17-årigen gikk til angrep på passasjerene på toglinjen mellom Würzburg-Heidingsfeld og Ochsenfurt sent mandag kveld. I en politiaksjon ble den antatte gjerningsmannen skutt.
Ifølge politiet var gjerningsmannen utstyrt med en øks og kniv.
Fire av passasjerene er skadd – tre av dem alvorlig, melder Bayerischer Rundfunk. I tillegg behandles 14 passasjerer for sjokk.
Ifølge den bayerske innenriksministeren Joachim Herrmann var det en 17-åring fra Afghanistan som sto bak angrepet.
Gutten skal ha kommet til Tyskland som enslig, mindreårig flyktning og hadde bodd en stund på et mottak i Ochsenfurt utenfor Würzburg, skriver NTB.
På spørsmål om angrepet kan være islamistisk motivert, svarer Herrmann at 17-åringen skal ha kommet med et utrop, men at dette må undersøkes nærmere.
Ministeren sier han ikke ønsker å spekulere rundt dette. Ifølge Die Welt sier en talsmann i departementet at gutten ropte «Allahu Akbar» da han gikk til angrep.
De første nyhetsmeldingene gikk ut på at 21 personer var skadd, men dette er i ettertid nedjustert.
Toglinjen ble umiddelbart stengt. Toget var på vei fra Treuchtlingen til Würzburg, og angrepet skjedde på et regiontog.