Australsk marine opplyser at båten har kantret rundt 120 nautiske mil nord for Christmas Island.
Australske tollmyndigheter skal ha fått informasjon fra kystvakten om en mulig menneskesmugler-båt som hadde problemer tidligere på dagen.
Nasjonaliteten til båtflyktningene er ikke bekreftet, men ifølge The Australian skal minst 100 være fra Sri Lanka.
Marinefartøyer fra både Indonesia og Australia, samt flere handelsfartøyer, er nå på vei til stedet, ifølge australske ABC News.
De australske fartøyene har fått tillatelse til å ta seg inn i indonesisk farvann for å forsøke å berge de kullseilede.
Ifølge Sky News skal det være observert overlevende i vannet fra et australsk militærfly.
Livbåter skal være satt ut, men personer er observert både på skroget av den kantrede båten, og med livvester flytende i vannet.
En talsperson for redningsmannskapene bekrefter observasjonene.
– Det er overlevende, men vi kan ikke bekrefte antallet på dette tidspunktet.
Det er ikke uvanlig at flyktninger setter kursen mot australske Christmas Island i farlige og overfylte båter. I desember 2010 omkom 50 asylsøkere da båten deres kullseilte på vei fra Indonesia til øyene.
– Vår fremste oppgave akkurat nå er å redde så mange personer vi kan før mørket stiger på. På dette tidspunktet gjør vi alt vi kan. Det er et fartøy på stedet og et fly, opplyser talsperson for sikkerhetsmyndighetene, Jonathan Wills, ifølge ABC.