Stormen førte til store oversvømmelser og jordskred, melder statlige medier onsdag.
«Fanapi» traff Kina mandag etter å ha herjet Taiwan i helgen, der to mennesker omkom og over 100 ble skadd.
Alle dødsfallene i Kina skjedde i Guangdong-provinsen sør i landet. Regnfallet i provinsen var det verste på hundre år, og i byen Yangchun falt det hele 550 millimeter regn på et døgn, ifølge nyhetsbyrået Xinhua.
Fem av de omkomne døde da en demning brast, mens to andre døde da huset deres kollapset, skriver nyhetsbyrået AFP. Av de 33 som er savnet, forsvant 25 i et jordskred.
Beveger seg vestover
«Fanapi» er den ellevte tyfonen som har truffet Kina i år.
Stormen beveger seg vestover med en fart på ti kilometer i timen, ifølge landets meteorologer. Den vil dermed bli nedgradert til et tropisk lavtrykk.
Da tyfonen var på sitt sterkeste, traff den Taiwan med vindhastigheter på 220 kilotemer i timen.
Ifølge myndighetene i Taipei gjorde den skader for minst 158 millioner dollar på industri og jordbruk.
For litt over et år siden
i Taiwan.