De siste ukene har det vært en rekke sammenstøt mellom nordsudanske og sørsudanske styrker i den nordsudanske delstaten Sør-Kordofan, som grenser til Sør-Sudan. Obama betegnet onsdag situasjonen som dyster.
– Situasjonen er skremmende med svært bekymringsfulle rapporter om angrep basert på etnisitet, sier han.
Den nordsudanske hæren er blitt beskyldt for etnisk rensing etter at den skal ha gjennomført angrep mot stammer som har tradisjonelle bånd til Sør-Sudan.
- Les også:
Benekter alle beskyldninger
Tusenvis av landsbyboere, især i Nuba-fjellene, sto på den sørsudanske SPLA-geriljaens side under den lange borgerkrigen i Sudan.
Regimet i Khartoum benekter alle beskyldningene om angrep.
USA har lovet å gi regimet med den folkemordtiltalte presidenten Omar al-Bashir i spissen en utstrakt hånd dersom det unngår å ty til våpen når Sør-Sudan erklærer seg uavhengig den 9. juli.
- Les også:
Enighet om demilitarisering
Mandag ble partene enige om en demilitarisering av det omstridte grenseområdet Abyei, som både sør og nord hevder eierskap til.
I slutten av mai rykket den nordsudanske regjeringshæren inn med soldater og stridsvogner og sendte minst 100.000 mennesker på flukt til Sør-Sudan.
– Jeg glad for at man har kommet til en enighet om Abyei. Det er nå avgjørende at avtalen settes i verk. Jeg håper at FNs sikkerhetsråd vil gi sin tilslutning til avtalen så snart som mulig, sier utenriksminister Jonas Gahr Støre.
Ifølge fredsavtalen mellom nord og sør skulle befolkningen i Abyei selv få bestemme om de vil tilhøre nord eller det nye Sør-Sudan. Men folkeavstemningen er aldri blitt avholdt, og den vil trolig heller aldri bli det, mener en rekke eksperter.
- Les også: