Muren ble påbegynt 13. august 1961 og ble stående i 28 år.
Lørdag ble dagen markert, først og fremst i Berlin, men også i resten av Tyskland.
Midt på dagen ble det holdt ett minutts stillhet, hvor bare kirkeklokkene kimte. Offentlig transport sto også stille en kort stund.
– Det urettferdige i å bygge muren minner oss den dag i dag om å stå for frihet, demokrati og borgerrettigheter, hjemme og ute i verden, sier Tysklands statsminister Angela Merkel i et intervju anledning dagen.
- GRAFIKK: 50 år siden Berlinmuren ble bygd
Frykt i familien
Merkel deltok lørdag på kransenedleggelse ved et minnesmerke i byen.
– Selv om jeg bare var sju år i 1961, husker jeg personlig hvilken frykt byggingen utløste i min familie. Vi ble skilt fra tanter og besteforeldre, forteller Merkel som ble født i den vestlige delen av byen.
Familien flyttet imidlertid østover da hun var liten.
Tysklands president, Christian Wulff, sier Tyskland burde oppfordre til mer frihet innenfor landets grenser ved å hjelpe innvandrere med å bli integrert og gjøre det mulig for folk å nå sitt potensial.
Han mener det var sivil aktivisme som til slutt gjorde at muren forsvant.
– Muren falt ikke, den ble veltet, sier han.
Wulff nevnte også de som døde i forsøket på å flykte fra det kommunistiske Øst-Tyskland og de politiske fangene.
Hør rapporten fra natten i 1989 da Berlinmuren ble revet ned
Kritisk til nostalgi
Berlinmuren ble reist for å hindre folk i å flykte fra øst til vest.
Berlin-borgermester Klaus Wowereit kritiserte dem som ser tilbake på det gamle DDR (Deutsche Demokratische Republik) med nostalgi.
– Det er sjokkerende at det til og med i dag er folk som mener sosialistpartiet (SED) hadde gode grunner for isolasjonen, sier borgermesteren.
I det radikale venstrepartiet Die Linke har det vært diskusjoner om dette nylig. Flere tidligere kommunistpartimedlemmer, som nå er medlem i Die Linke, anklages for å ville glatte over de verste sidene av det totalitære regimet.
- Les også: