Amr er den foreløpig siste og mest kjente av ministrene som ønsker å trekke seg etter at millioner av egyptere har demonstrert med krav om at president Mohamed Mursi går av.
Utenriksministerens beslutning er nok et slag mot president Mursi.
Avgangen til Mohamed Kamel Amr kommer etter at fire andre ministere gikk av mandag.
Det var ministerene for miljø, turisme, kommunikasjon og juridiske spørsmål har levert inn sine avskjedssøknader til statsminister Hesham Qandil.
Fikk 48 timer
President Mohamed Mursi fikk mandag en advarsel fra landets væpnede styrker med beskjed om at de mener han bør rydde opp i landets politiske krise innen 48 timer.
Presidenten har avvist hærens ultimatum og sier han fortsetter arbeidet for å skape nasjonal forsoning.
Minst 17 mennesker er drept siden søndag i demonstrasjoner i Egypt.
I tillegg skal skal nesten 800 personer være skadet.
(NRK-NTB)