10.000 palestinere støtte sammen med grensesoldater i Qalandia, mellom Ramallah og Jerusalem, der den viktigste grenseovergangen mellom Øst-Jerusalem og resten av Vestbredden er, ifølge BBC.
Det ble først meldt at tre mennesker var drept, men tallet ble senere nedjustert av sykehuskilder. De drepte var 19 og 27 år gamle, ifølge nyhetsbyrået Ma'an News Agency.
- LES OGSÅ:Kerry med nytt våpenhvileforslag
Verste på mange år
Ytterligere rundt 200 mennesker ble såret, mange av dem av kuler fra automatgevær.
Sammenstøtene skjedde etter at deltakere i en protestdemonstrasjon i Ramallah marsjerte de få kilometerne til grensa til Jerusalem.
Demonstrasjonen så ut til å ha vært den største i Palestina siden intifadaen fra 2000 til 2005. Det var protester også i Jerusalem torsdag.
Stum om bruk av ekte kuler
– Det er tusener av demonstranter der, sa en talskvinne for den israelske hæren og fortalte at demonstrantene rullet brennende bildekk mot soldatene og kastet fyrverkeri og bensinbomber.
Hun sa også at soldatene svarte på demonstrasjonen med «vanlige metoder mot opptøyer», et begrep som innebærer at det brukes såkalt ikke-dødelige våpen som gummikuler og tåregass.
Hun ville ikke kommentere meldingene om ekte kuler.