Det opplyser en sikkerhetskilde til avisen Berliner Morgenpost.
En talsmann opplyser ifølge Reuters at pakken ble oppdaget ved postkontoret ved forbundskanslerens kontor.
Den tyske avisen Süddeutsche Zeitung skriver at bomben skal ha vært plassert i et rør inni en uthulet bok.
Pakken var adressert til Angela Merkel personlig.
Sikkerhetsstyrker antyder overfor avisen at det er greske, venstreorienterte ekstremister som står bak.
Ifølge Berliner Morgenpost har de greske ekstremistene de siste årene stått bak angrep mot banker og andre offentlige bygninger, samt kontorene til utenlandske selskaper, som en kommentar til den økonomiske politikken som føres i Hellas.
Politiet mener at de nå velger å angripe de utenlandske ambassadene for å få internasjonal oppmerksomhet.
Robot uskadeliggjorde bomben
Politiet i Berlin tok i bruk en spesiell bombebil med robot for å uskadeliggjøre bomben.
Ifølge Berliner Morgenpost skal det ha blitt sendt ut et varsel på forhånd, og postkontoret på Kanslerens kontor ble da stengt av politiet.
Pakken ankom til statsministerens kontor rundt klokken 13 tirsdag, og avsenderen var oppgitt som finansdepartementet i Hellas. Pakken var også poststemplet og sendt fra Hellas.
– Ingen er kommet til skade, sier en regjeringstalsmann.
Angela Merkel selv er for tiden i utlandet på et besøk i Belgia.
Frykter at andre vil kopiere
Merkels partikollega i CDU, Wolfgang Bosbach, sier at det nå må til en gjennomgang av alle rutiner for å avdekke sårbarheter i systemet.
Ifølge Bosbach vil hendelsen bli et tema på neste møte i innenrikskomiteen i det tyske parlamentet.
– Vi må se på om det er noen hunn i sikkerhetsrutinene som må fylles raskt. På grunn av fare for at andre kriminelle vil kopiere hendelsene, er det ønskelig at etterforskerne ikke avslører detaljer rundt sikkerheten, sier han.
Mandag destruerte gresk politi en pakkebombe som var adressert til Frankrikes president Nicolas Sarkozy.
- Les også:
Bomber har eksplodert
Pakken sees i sammenheng med brevbomber som har eksplodert på flere ambassader i Aten tidligere i dag.
Gresk politi har også detonert liknende bomber som ble oppdaget på ambassadene til Bulgaria, Russland og Tyskland.
Mandag ble flere personer pågrepet etter at gresk politi fant tre andre brevbomber som var adressert til den nederlandske og den belgiske ambassaden, og til den franske presidenten Nicolas Sarkozy.
Fant bomber på fly
Fredag ble det funnet to forsendelser med bomber, den ene om bord på et lastefly på East Midlands-flyplassen i England og den andre i Dubai. Begge flyene var på vei fra Jemen til USA.
Det skjulte sprengstoffet var gjemt inne i printere. Mer enn halvparten av all pakkelast som skal til USA fraktes med passasjerfly. Begge bombene hadde vært innom passasjerfly før de ble oppdaget.
Bombene inneholdt 300 gram og 400 gram av det luktfrie eksplosivet PETN som kan være vanskelig å oppdage ved hjelp av røntgenstråler. Printerne hadde tidsinnstilte brytere som kunne se ut som en vanlig del av printernes elektronikk.