Demonstrantene samlet seg for å protestere mot at Obama skulle bli utnevnt til æresdoktor ved University of Johannesburg, Soweto.
Obamas overvåknings- og utenrikspolitikk fikk gjennomgå av demonstrantene, som kom fra fagforeninger og andre grupper.
Demonstranter ropte «Bort med etterretning, bort» og holdt opp plakater som viste Obama med Hitler-bart, ifølge nyehtsbyrået AP.
– Folk døde i Libya. Folk dør fortsatt i Syria, sa 54 år gamle Ramasimong Tsokolibane til AP.
– I Egypt, i Afghanistan og i Pakistan dreper droner fortsatt folk. Det er derfor vi kaller ham en Hitler. Han er en morder, fastslo han.
(Saken fortsetter under videoen)
Minst tre smell kunne høres da politiet forsøkte å flytte demonstrantene bort fra universitetsområdet, rapporterer en journalist fra nyhetsbyrået AFP på stedet.
Etter at politiet fikk ryddet vei, kom den amerikanske presidenten seg inn til universitetet hvor han holdt en tale og møtte en rekke unge ledere fra hele Afrika.
Soweto var ett av de sentrale stedene under kampen mot Apartheidstyret i Sør-Afrika.
(Saken fortsetter under bildet)
Møtte slekt
Mandela, som fyller 95 år i juli, ble innlagt på sykehus 8. juni på grunn av alvorlige lungeproblemer. Tilstanden er fortsatt svært alvorlig, men fredag sa hans tidligere kone, Winnie, at det har vært en merkbar bedring det siste døgnet.
Til tross for mulige tegn på at Nelson Mandelas tilstand er i ferd med å bli bedre, bestemte Obama seg for å ikke besøke ham på sykehuset ved Pretoria, hvor han får behandling for kritisk sykdom. Begrunnelsen presidenten ga var at han ikke ønsket å forstyrre Mandela.
- LES OGSÅ: Folkemengde våker over frigjøringshelten
I stedet møtte Obama tidligere på dagen noen av slektningene til den dypt respekterte frigjøringshelten, deriblant to døtre og flere barnebarn. Han snakket også med Mandelas kone, Graca Machel, på telefon.
– Jeg uttrykte håp om at Madiba får fred og ro fra tiden han tilbringer sammen med sine kjære, og uttrykte også min hjertelige støtte til hele familien mens de jobber seg gjennom denne tøffe tiden, sa Obama, og brukte Mandela-klanens navn.
Machel sa at hun hadde fått styrke fra støtten som Obama-familien tilbød.
- LES OGSÅ: – Eldsterådet godkjenner å slå av pustemaskinen til Mandela
- LES OGSÅ: – Mandela i respirator
(Saken fortsetter under bildet)
– En personlig inspirasjon for meg
Tidligere på dagen, under en tale i Pretoria, snakket Obama om det moralske motet som Sør-Afrikas første fargede president i sin tid utviste.
– Kampen her mot Apartheid, for frihet, Madibas moralske mot, hans lands historiske endringsprosess til en fri og demokratisk nasjon, har vært en personlig inspirasjon for meg. Det har vært en inspirasjon for verden, sa Obama etter samtaler med Sør-Afrikas nåværende president Jacob Zuma.
– Strømmen av kjærlighet som vi har sett de siste dagene viser at triumfen til Nelson Mandela og dette landet har resonans i noe som ligger svært dypt i menneskets sjel - lengten etter rettferdighet og verdighet som overgår grenser for raser, klasser, tro og land, la han til.
Overskygget av sykdom
Obama kom til Sør-Afrika fra Senegal sent fredag kveld. Før han ankom sa Obama at han ikke trengte en «photo-op» med Mandela, altså en mulighet til å bli tatt bilde av sammen med den berømte frigjøringslederen.
De to møttes i 2005, men det var et kort møte. Lørdag avfeide Det hvite hus muligheten for et nytt møte mellom de to.
Et hovedformål med Obamas besøk til tre afrikanske land er å endre oppfatningen av at den amerikanske presidenten har oversett Afrika siden han ble valgt for første gang i 2008. Samtidig ønsker USA å slå tilbake mot Kinas voksende økonomiske innflytelse på det ressursrike kontinentet.
Obamas besøk har likevel blitt overskygget helt av Nelson Mandelas sykdom.
- LES OGSÅ: Arven etter Mandela