Den 22 år gamle kvinnen, som kaller seg Beatriz, lider av lupus, en sykdom som svekker immunsystemet, og legene sier at fosteret trolig mangler hjerne og ikke har mulighet for å leve.
Hun har lenge søkt om abort med den begrunnelse at hennes liv er i fare, men myndighetene i El Salvador, der abort er strengt forbudt, har nektet.
Onsdag avviste landets høyesterett hennes anke med den begrunnelse at morens rettigheter ikke står over barnets rettigheter, og at grunnloven fastslår at livet begynner ved befruktningen.
Landets katolske erkebiskop José Luis Escobar har flere ganger bedt domstolene ikke innfri Beatriz' ønske, siden det kunne bane veien for flere aborter.
Det har heller ikke hjulpet at Den interamerikanske menneskerettighetsdomstolen som har sete i San José i Costa Rica, ba El Salvador la legene foreta en abort for å redde kvinnens liv.
Artikkelen fortsetter.
Løsning til slutt
Løsningen ble til slutt at barnet blir født ved keisersnitt når Beatriz er 26 uker på vei i svangerskapet neste uke.
Helseminister Maria Isabel Rodríguez sier det er klart at intervensjonen i svangerskapet ikke er en abort, men en framskyndet fødsel.
– Og det er noe ganske annet, sier hun.
Beatriz selv er nervøs, men lettet.
– Det de gjorde var ikke riktig. De gjorde at jeg måtte lide ved å vente så lenge her på sykehuset, sier hun.
Forbudt på hele kontinentet
Saken har ført til at søkelyset er rettet mot El Salvadors strenge abortlov. De som tar abort, kan dømmes til 50 år i fengsel.
Det er ikke bare i El Salvador abort er forbudt, selv om holdningene er i ferd med å mykes opp så smått.
I hele Latin-Amerika er det bare i Uruguay og Cuba, foruten den tidligere britiske kolonien Guyana, at abort er tillatt. Dessuten har den venstreorienterte borgermesteren i Mexico by åpnet for abort fram til 12. uke.
I Colombia er det nylig åpnet for abort etter voldtekt, og i Argentina avgjorde høyesterett i fjor at voldtektsofre har rett til abort, selv om president Cristina Fernandez sier hun ikke er tilhenger av ytterligere liberalisering.