De bevæpnede mennene skal ha tatt seg inn på senteret, stilt opp de innlagte i en korridor og deretter skutt dem.
– Mennene skjøt mot omkring 20 personer. 17 av dem ble drept, mens resten ble såret, sier talsmann for hæren Enrique Torres til nyhetsbyrået Reuters.
En kilde i sikkerhetsdepartementet sier til AFP at 18 personer ble drept og fem såret.
Senteret ligger i Juarez, en by like ved grensen til USA. Byen er regnet som den mest voldelige i Mexico, og 10.000 soldater og føderale politifolk er utstasjonert der.
Se video:
Politisjef drept
Narkobander har tidligere angrepet avrusningssentre og beskyldt dem for å huse medlemmer av rivaliserende gjenger. I fjor ble åtte personer drept i et lignende angrep.
Angrepet er det alvorligste siden president Felipe Calderon startet kampen mot narkobransjen i Mexico for tre år siden.
I et annet angrep onsdag ble visepolitisjefen i den vestlige delstaten Michoacan, Jose Manuel Revueltas, drept i et kuleregn like ved politistasjonen i delstatshovedstaden Morelia. Minst én av livvaktene hans skal også ha blitt drept.
38 år gamle Revueltas ble tiltrådte stillingen for bare to uker siden. Michoacan er hjemstaten til president Calderon.
20-åring halshogd
I tillegg ble 21 personer funnet drept i den nordlige delstaten Chihuahua natt til onsdag. Også disse drapene settes i sammenheng med narkobander.
Drapene fant sted på forskjellige steder i delstaten.
En av de drepte, en 20 år gammel mann, ble funnet halshogd. I nærheten av mannen ble det funnet en advarsel signert La Lina, en gruppe med tilknytning til Carrillo Fuentes’ narkokartell.
I første halvår i år mistet minst 1161 personer livet i narkokrigen som herjer Mexico.