Men på slutten av 1980-talet vart oppdrettsanlegga i Gulen sterkt plaga med sjukdom - særleg ILA (infeksiøs lakseanemi) - og fylgjande bandlegging av anlegga. Samstundes kom overproduksjon og marknadsproblem i oppdrettsnæringa generelt, og Fiskeoppdretternes Salgslag gjekk konkurs.
For mange lokale oppdrettarar enda det difor med konkursar og tvangssal. Mange oppdrettarar I Gulen som tapte anlegga sine i denne perioden, meinte at mykje av oppdrettsnæringa i kommunen framleis hadde vore på lokale hender dersom bankane hadde vore meir tolmodige og ikkje sendt gjeldstyngde oppdrettsanlegg til skifteretten.
I 2002 er det dei heilt store aktørane som dominerer næringa i Gulen: Firda Sjøfarmer AS ved
Ola Braanaas i Florø, Fjord Seafood/Domstein Salmon (
Domstein-konsernet),
Pan Fish og det lokale selskapet
Aqua Farms med base i Brekke.
Birger Berge på Byrknesøy var ein av dei første som starta med oppdrett i Sogn og Fjordane.
Brørne Erling og Birger Slettevoll starta midt på 1960-talet oppdrett av regnbogeaure i ei merde på Byrknes.
- oppdrettsanlegg på Byrknes starta i 1970.
vart starta i 1970 av Håkon Randal og sonen Harald Randal.
starta på Byrknesøy i 1972.
Oppdrettsselskapet Aqua Farms i Brekke
er eit av dei store oppdrettsselskapa i Noreg med ei omsetning i 2001 på 221 millionar kroner og vel 80 tilsette.
starta i 1975 av Hilmar Kråkenes.
Asbjørn Tunsberg og Ove Unneland starta lakseoppdrett på Tunsberg ved Ånnelandsundet i 1982. I 1988 skilde dei lag.
vart starta i Dingja i 1982 av Ole Steinset.
i Eivindvik vart starta i 1983 av lensmann Olav Bøe.
oppdrettsanlegg på Byrknesøy.
AS Åra Laks vart starta på øya Åra sør for Byrknes i 1985 av Hilmar Larsen og Magnar Slettevoll.
Mjømna Fiskeoppdrett AS
vart starta i 1985 av Sissel Mjømen og Lyder Mjømen. Dei dreiv til 1989, men vart hardt råka av sjukdom på fisken. Selskapet vart slege konkurs og ikkje teke opp att.
Kvernvågvatnet Klekkeri
på Mjømna vart starta i 1985 av Arve Mjømen og Jan Johannessen. Dei dreiv klekkeriet til 1988, men gjekk konkurs då ILA-sjukdomen slo til i Gulen. Setjefiskanlegget i Mjømna vart bandlagt, og sjukdomen skapte store problem for oppdrettsnæringa i kommunen i lang tid.
Heilt frå midten på 1980-talet har fleire gjort forsøk med torskeoppdrett i Gulen.