Yunus (70) ble formelt avsatt fra sjefsstillingen i Grameen Bank fordi han hadde fortsatt i jobben lenge etter oppnådd pensjonsalder.
Yunus leverte en klage etter at han ble sparket, men domstolen vil opprettholde beslutningen om å avsette fredsprisvinneren.
– En trist dag for Bangladesh
Bak oppsigelsen ligger en intens politisk strid og maktkamp med Bangladeshs regjering.
– Vi er ikke overrasket, vi ventet dette. Domstolen har bare opprettholdt den ulovlige avgjørelsen i Bangladeshs sentralbank, sier en av Yunus' advokater, Sara Hossain.
– Dette er en trist dag for Bangladesh, føyer hun til.
Yunus selv var ikke til stede i retten tirsdag. Han skal ha ventet at han kom til å tape, og har ennå ikke bestemt om han vil anke avgjørelsen til høyesterett.
Fredsprisvinner
Mohammad Yunus er en populær mann blant mange, både i Bangladesh og i resten av verden.
I 2006 ble Grameen Bank og Muhammad Yunus tildelt Nobels Fredspris for sitt arbeid for å skape økonomisk og sosial utvikling gjennom såkalt mikrokreditt, som vil si små lån til fattige bangladeshere.
Etterforskning etter NRK-dokumentar
Regjeringen i Bangladesh beordret etterforskning av anklager mot banken etter en NRK-dokumentar i fjor.
Dokumentaren «Fanget i mikrogjeld» avslørte hvordan 608 millioner kroner gitt av Norge, Sverige og andre land ble overført fra Grameen Bank til et nyetablert selskap med helt andre formål enn å gi fattige kvinner mikrolån.
– Suger penger fra fattige
Tidligere har Bangladeshs statsminister, Sheikh Hasina, beskyldt Grameen Bank for å «suge penger fra fattige» gjennom sine mikrolån. Hun har også beskyldt Yunus for å lure seg unna skatt.
Norad har selv gransket saken og konkludert med at Grameen Bank ikke gjorde noe galt.