Flyktningene er spredt i 68 leire på grensen mellom Bangladesh og Myanmar og har ikke rent vann eller skikkelige sanitære forhold, ifølge WHO.
I tillegg trues det som er blitt en av verdens største ansamlinger av flyktninger, av mangel på mat og medisiner.
– Det er stor risiko for vannbårne sykdommer, og spesielt høy risiko for kolera, derfor er alle bekymret, heter det i en uttalelse fra organisasjonen.
De betegner tilstanden som kritisk og utfordrende.
WHO har satt opp mobile klinikker, og helsemyndighetene i Bangladesh opplyser at de har behandlet omtrent 4.500 personer for diaré og vaksinert 80.000 barn for meslinger og polio.
– Vi gjør vårt beste for å takle utfordringene, men vi er bekymret, sier nestlederen for helsemyndighetene i Bangladesh, Enayet Hossain.
Flere enn 436.000 flyktninger har krysset grensen fra delstaten Rakhine i Myanmar siden myndighetene i landet iverksatte en militæroperasjon 25. august.
