Politiet tok i bruk tåregass og batonger mot demonstrantene, som marsjerte mot Indias hovedstaden både til fots, på hest og med traktor.
Opptøyene tirsdag skjedde samme dag som India feirer en av sine tre nasjonaldager – Republikkens dag.
Minst en demonstrant ble drept i de voldelige opptøyene og flere titalls politifolk og demonstranter ble skadet.
– Vi har protestert i seks måneder, men regjeringen vil ikke høre på oss, sa Diljender Singh, en bonde fra delstaten Punjab til The Guardian.
– Våre forfedre stormet dette fortet flere ganger i historien. Dette er en beskjed til regjeringen om at vi kan gjøre det igjen, og enda mer, om ikke kravene våre blir møtt, sa Singh.
Internettforbindelsen er slått av i deler av Delhi, hvor sikkerhetsstyrker jobber med å få kontroll på situasjonen.
Frykter å bli utnyttet
Bøndene protesterer mot nye reformer som vil åpne jordbruket mer for det åpne markedet.
Indiske bønder har tidligere vært beskyttet av reguleringer og lover, som blant annet har sikret dem stabile priser.
Bøndene frykter at de nye lovene vil redusere deres forhandlingsmakt og gjøre dem sårbare overfor store private selskap.
Over 40 prosent av den indiske befolkningen jobber i jordbruket, som ofte er preget av lite effektivitet og fattigdom, skriver The Guardian.
Selvmordstallene blant bønder i India er blant verdens høyeste.
Største demonstrasjoner mot Modi
Titusenvis av demonstranter har slått leir utenfor grensene til New Delhi siden november. For å kreve at reformene trekkes tilbake.
Demonstrasjonene er de største i India på mange år, og blir sett på som den største utfordringen for statsminister Narendra Modi og hans hindunasjonalistiske regjering.
Forrige uke avslo bøndene et tilbud fra regjeringen om å utsette reformene.
– Hvis vi ikke demonstrerer mot disse lovene vil barna våre dø av sult, sa 60 år gamle Melkeet Singh til The Guardian.
– Vi vil ikke gi oss før lovene blir trukket tilbake, sier han.
Marsjerte til sentrum
Torsdag ettermiddag opplyser politiet at de har fjernet demonstrantene fra Det røde fortet.
Men ifølge lokale medier marsjerte demonstrantene også til andre deler av byen.
Kaoset oppstod kort tid etter en parade i forbindelse med nasjonaldagsfeiringen.
Statsminister Narendra Modi var til stede, men ble kjørt tilbake til sin residens før bøndene kom seg inn til sentrum av byen, ifølge BBC.