Beslutningen ble tatt dagen etter at innbyggerne i Benghazi fikk nok av militsene og tok saken i sine egne hender.
To baser tilhørende islamistiske militser ble stormet og militsene jagd på flukt natt til lørdag.
De to mest sentrale militsene i byen Derna, øst for Benghazi, kunngjorde lørdag at de oppløser seg selv og forlater fem av sine baser, ifølge lokalbefolkningen i området.
Abu Slim-militsen hadde tre baser, mens Ansar al-Sharia hadde to, som alle er tomme, ifølge Siraj Shennib, en professor i lingvistikk som har deltatt i demonstrasjonene mot militsene de siste dagene.
Drar hjem
Han sier at militsen så hva som skjedde natt til lørdag og bestemte at de ikke vil skyte mot sine brødre.
– De vil dra hjem og overlate sikkerheten til myndighetene, sier han.
Ansar al-Sharia mistenkes for å ha stått bak angrepet på det amerikanske konsulatet i forrige uke som kostet fire amerikanere, inkludert ambassadøren, livet.
Ansar al-Sharia var en av militsene som natt til lørdag jaget ut av sin base i Benghazi av en rasende folkemengde.
Lederen for Libyas nasjonale kongress, Mohammed Magarief, opplyste også at de har besluttet å opprette et operasjonssenter i Benghazi som skal samle hæren, styrker i innenriksdepartementet og brigader bestående av tidligere militser.
Tar kontroll
Han oppfordret også folk til ikke å bære våpen i offentligheten, og han sa at myndighetene skal forby alle ikke-autoriserte grupper å, sette opp veisperringer og kontrollere trafikken.
Myndighetene har hittil ikke greid å oppløse og avvæpne alle militsene som består av tidligere sivile, som deltok i opprøret mot Muammar Gaddafi, selv om noen av dem har underlagt seg innenriksdepartementet eller forsvarsdepartementet.
Lørdag har også hæren gitt ordre til alle militser og væpnede grupper om å forlate militærbaser, statlig eiendom og eiendommene til medlemmer av det styrtede regimet innen 48 timer.
11 mennesker ble drept da de sinte innbyggerne i Benghazi stormet de to basene natt til lørdag. De stakk basene i brann og plyndret dem før de jagde bort militsene.
Slutt på tålmodigheten
Beboerne i Benghazi og andre byer i det østlige Libya sier at militsene skapte et klima av usikkerhet med sin væpnede tilstedeværelse.
Angrepet på det amerikanske konsulatet i Benghazi, der den populære amerikanske ambassadøren Chris Stevens ble drept, var dråpen som fikk begeret til å renne over for folk i byen.
30.000 samlet seg til demonstrasjon mot militsene og for å hedre Stevens fredag ettermiddag, en demonstrasjon som fullstendig overskygget en liten demonstrasjon som salafister arrangerte mot videoen som håner Muhammed.
Etter demonstrasjonen marsjerte flere hundre av de sinteste deltakerne mot militsenes hovedkvarter i byen.
– Etter det som skjedde med det amerikanske konsulatet fikk folk i Benghazi nok av ekstremistene, sa Hassan Ahmed.