"Haniyeh har nære forbindelser til Hamas' militære fløy og har støttet væpnet kamp mot sivile", heter det i kunngjøringen fra det amerikanske utenriksdepartementet.
Det heter videre at Haniyeh har vært involvert i terrorangrep mot israelske borgere, og at han er ansvarlig for at rundt 17 amerikanere er drept i terrorangrep.
USA har lenge regnet Hamas som en terrororganisasjon, men Haniyeh tilhører en forholdsvis moderat fløy i den islamistiske bevegelsen. Nå vil han personlig bli rammet av amerikanske sanksjoner.
Vedtaket vil trolig bidra til økt spenning i de palestinske områdene, kort tid etter at USA anerkjente Jerusalem som Israels hovedstad.
Hamas reagerer med å erklære at vedtaket ikke vil forhindre dem i å yte motstand mot Israel.
– Denne beslutningen er et mislykket forsøk på å undertrykke motstandskampen. Den vil ikke forhindre vår kamp for å kaste okkupasjonsmakten ut, heter det i en uttalelse.
Hamas, som styrer på Gazastripen, og Fatah, som er den største gruppa i den palestinske selvstyremyndigheten på Vestbredden, signerte en avtale om nærmere samarbeid i fjor høst. Men det gjenstår å se hvordan dette utspiller seg i praksis.