Jonathan lovte lørdag å knuse terroristene i den islamistiske sekten Boko Haram, som anklages for å stå bak en rekke bombeangrep i landet i romjula.
Minst 50 personer skal ha blitt drept i voldelige sammenstøt øst i Nigeria, opplyser myndighetene.
Sammenstøtene skal ha skjedd i delstaten Ebonyi øst i landet, opplyser en talsmann for myndighetene til nyhetsbyrået Reuters. Det er uklart hvem som skal ha støtt sammen.
Minst 40 drept 1. juledag
Presidenten erklærte unntakstilstand i deler av fire, voldsherjede delstater. Dette innebærer at enkelte av landets grenseområder vil holdes midlertidig stengt. Forsvarsministeren skal dessuten ha fått ordre om å gjennomføre passende tiltak, deriblant å forme en ny antiterrorstyrke.
1. juledag ble minst 40 mennesker drept og 60 såret i flere angrep mot kirker i Nigeria. Den ytterliggående islamistiske gruppen Boko Haram anklages for å ha stått bak både disse og flere mindre angrep de påfølgende dagene, noe som har skapt frykt om at Afrikas mest folkerike land skal gli ut i en sekterisk borgerkrig.
– Vi vil forsikre nigerianere om at vi vil beskytte dem, sa president Jonathan lørdag, under et besøk til pårørende til noen av ofrene fra 1. juledag.
– Vi skal knuse terroristene
– Vi skal knuse terroristene. Hvis det fins institusjoner som avler terrorister, så skal vi ta oss av dem, fortsatte presidenten.
Jonathan har blitt kritisert for å reagere seint på bombeangrepene, men fredag og lørdag hardnet retorikken da han lovte å bekjempe Boko Haram.
Nigeria er preget av dype motsetninger mellom kristne og muslimer. Nigerianske myndigheter har lenge kjempet mot opprørsgruppen Boko Haram, som ønsker å opprette en islamsk stat.